据《药师琉璃光七佛本愿功德经》记载，药师琉璃光如来在因地修行菩萨道时，曾发十二大愿：

    第一大愿：愿我来世得佛菩提时，自身光明，照无边界。三十二相、八十随好庄严其身。令诸有情，如我无异。

    第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外清彻。光明广大，遍满诸方。焰网庄严，过于日月。铁围中间，幽冥之处，互得相见。或于此界暗夜游行，斯等众生见我光明，悉蒙开晓，随作众事。

    第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情所受用物，皆得无尽。

    第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令游履菩提正路。若行声闻、独觉乘者，亦令安住大乘法中。

    第五大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，善防三业，无有毁犯堕恶趣者。设有毁犯，闻我名已，专念受持，至心发露，还得清净，乃至菩提。

    第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情诸根不具，丑陋顽愚，聋盲喑哑，挛躄背伛，白癞癫狂，种种病苦之所缠逼。若闻我名至心称念，皆得端严，众病除愈。

    第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情贫穷困苦无有归趣，众病所逼，无药无医。暂闻我名，众病消散，眷属增盛，资财无乏，身心安乐，乃至菩提。

    第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人为女众苦之所逼切，极生厌离，愿舍女身。若闻我名至心称念，即于现身转成男子，具丈夫相，乃至菩提。

    第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罗网。复有种种邪见之徒，皆当摄受令生正见，渐令修习诸菩萨行，乃至菩提。

    第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情王法所拘，幽禁牢狱，枷锁鞭挞，乃至极刑。复有众多苦楚之事逼切忧恼，无暂乐时。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦，乃至菩提。

    第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥火所恼，为求食故造诸恶业。若闻我名至心称念，我当先与上妙饮食随意饱满，复以法味令住安乐，乃至菩提。

    第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情身无衣服，蚊虻寒热之所逼恼。若闻我名至心称念，随其所好，即得种种上妙衣服。宝庄严具、伎乐香华，皆令丰足，无诸苦恼，乃至菩提。