《药师琉璃光七佛本愿功德经》的主体是七佛四十四大愿，这四十四大愿，即光胜世界善名称吉祥王如来八大愿，妙宝世界宝月智严光音自在王如来八大愿，圆满香积世界金色宝光妙行成就如来四大愿，无忧世界无忧最胜吉祥如来四大愿，法幢世界法海雷音如来四大愿，善住宝海世界法海胜慧游戏神通如来四大愿，净琉璃世界药师琉璃光如十二大愿。

七佛如来从方方面面护佑有情众生。从身体健康上愿众生病苦消灭、诸根具足、恐怖解脱、遇险得安、枷锁得解。从心灵精神上愿众生痛苦解脱、忧悲得解、智慧渐增。从修行得道上愿众生常修善法、邪见转正、修习持戒。从事业上愿众生事业成就、资生充足。从个人关系上愿众生眷属平安、斗讼解散、怨仇化解。从消灾解难上愿众生因犯杀生、偷盗、邪淫、妄语、贪欲、瞋恚、愚痴等十恶业罪障消灭。从生活上愿众生衣食丰足、饥渴得解、住卧无忧、生病有药、蚊虻不侵、恶鬼不害。七佛如来的总愿是愿有情众生速证无上菩提。佛陀说，七佛如来本愿功德是说不尽的，我们这里只是略举一二而已。这些大愿是七佛在行菩萨道时发的，现在这些愿实现了，他们功德圆满而成佛。

诸佛菩萨以发愿而闻名，以发愿而慈悲济世，《地藏菩萨本愿经》中地藏菩萨发愿：地狱不空，誓不成佛，众生度尽，方证菩提；《无量寿经》中阿弥陀佛的四十八愿；《药师琉璃光七佛本愿功德经》中药师琉璃光如来发十二大愿（七佛如来四十四大愿）；《悲华经》释迦牟尼佛有五百大愿，韦陀菩萨十大愿；《大方广佛华严经·普贤菩萨行愿品》普贤菩萨十大愿；《大方广佛华严经·净行品》文殊菩萨一百四十一愿；《千手千眼观世音菩萨广大圆满无碍大悲心陀罗尼经》观世音菩萨发十大愿，《妙法莲华经观世音菩萨普门品》观世音菩萨发十二大愿；《大宝积经·弥勒菩萨所问会》中弥勒菩萨发诸多大愿；《佛说观世音菩萨大势至菩萨授记经》中大势至菩萨所发大愿。

我们也经常发愿，如祝你身体健康、祝你事业有成、祝你财源广进、祝你万事如意、祝你平安快乐、祝你家庭幸福、祝祖国繁荣昌盛、祝祖国和平富强。从这一点来讲，我们每个人都有成为药师佛的因。一个国家也有国家的愿望，我们国家的社会主义核心价值观“富强、民主、文明、和谐、自由、平等、公正、法制、爱国、敬业、诚信、友善”，这就国家领导的愿望。毛主席的愿望概括一句话就是“为人民服务”。

吴立民居士在讲《药师琉璃光七佛本愿功德经》时说道：言为心声，愿为心师。世法做人之根本端在立志，佛法修行之根本首在发愿。圣贤讲立志，菩萨讲发愿，实质一也。心之所之曰志，心之所凝曰愿。行兹在兹，言兹在兹，念兹在兹，造次必如是，颠沛必如是，心境所凝，历劫不断，精诚所至，天地为开，是则为愿也。有药师琉璃光如来十二大愿，才有净琉璃世界，心大世界大，心净佛土净、愿真成就真也。人本具欲，心可发愿。愿之与欲，本体是一，用则有异。有我则欲，无我则愿；迷则是欲，觉则是愿；识则是欲，智则是愿；业则是欲，密则是愿。清净行欲，欲即是愿，贪瞋行愿，愿亦成欲。

纵观《药师经》精髓，其实质就是诸佛菩萨愿力的结晶体。首先是曼殊师利法王子（文殊菩萨)以大悲愍念无量业障有情，至诚向佛陀请法：“愿为我等及未来世像法众生，慈悲演说诸佛名号、本愿功德、国土庄严、善巧方便差别之相，令诸闻者业障消除，乃至菩提，得不退。”由此因缘，才有佛陀慈悲演说七佛名号及本愿功德。

《药师经》还有一大特点，就是护法愿，而且护法队伍非常强大。

首先是“八大菩萨”接引愿：“若闻药师琉璃光如来名号，临命终时，有八菩萨，乘神通来，示其去处。”根据药师经最早的译本《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》，这八大菩萨是：文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨。

其次是“十二药叉大将”卫护诵经人的愿：“若有此经流布读诵，或复受持七佛名号，恭敬供养者，我等眷属卫护是人，令脱众难，所有愿求，悉令满足。”这“十二药叉大将”是宫毗罗大将、跋折罗大将、迷企罗大将、頞你罗大将、末你罗大将、娑你罗大将、因陀罗大将、波夷罗大将、薄呼罗大将真达罗大将、朱社罗大将、毗羯罗大将，此十二药叉大将，一一各有七千药叉以为眷属，合计有八万四千药叉卫护药师经及诵经之人。

第三是执金刚菩萨、释天、帝梵天、四天王护经及持经人：“若于其处有此经典及七佛名陀罗尼法，流通供养乃至书写，我等悉皆承佛威力，即往其处，拥护于彼。国王大臣，城邑聚落，男子女人勿令众苦及诸疾病之所烦恼，常得安稳，财食丰足，我等即是报诸佛恩。”

《药师经》流传至今，当然离不开佛陀弟子、译经法师、祖师大德等等的慈悲护持，今后《药师经》的弘扬与宣讲，更需要法师大德、善男善女的护持。