法器：药师佛珠

依《药师琉璃光王七佛本愿功德念诵仪轨供养法》：药师佛的左手执持药师珠佛珠，右手结三界印，身着袈裟，结跏趺坐于莲花台。有一种说法是：药师珠代表药师佛的佛眼。药师珠具有强力的净除业障、避邪驱魔、福慧健康的加持力，是药师佛的法器。

法器：灯塔

药师佛手中所持之塔，是出自《药师琉璃光如来本愿功德经》中“燃七层之灯”救众生性命之意，故塔是有七层的灯塔。

故事：《药师琉璃光如来本愿功德经》白话译文

病人在垂危之时，虽然自身还卧在病床上，但是在死相现前之时，却见到琰魔王(阎罗王)的使者来拘引他，将他的神识带引到琰魔法王面前，听候审判。

琰魔法王的判罪执法，是以每个人的俱生神：所有众生都有一个俱生神形影不离的跟随着，他将每个众生一生所作的一切罪福都记录下来，等到这些众生即将命终之时，便将此记录全部交给琰魔法王，当作执法审判的依据。

这时，琰魔法王就依俱生神的记录，审问此人，并且计算验对他平生的所作所为，随其善恶罪福来处决判定他该受什么果报。这时，若有病人的亲友，能为他燃七层长明灯，悬挂五色的续命长幡(燃七层之灯者，即如塔之七层，每层燃七灯，及设供七尊药师佛，或依七佛本设供七佛。)

病人若承功德力，神识复还，如梦醒来，能够清楚的知道地狱受刑之苦，及家眷为他修法之情景。这时，他如从梦中觉悟一样，皆能忆知地狱里善恶业报赏罚之情形。

法器：药器与诃子枝

药师佛左手执持无价珠(药器) ，右手膝前持治病的诃子枝。身着袈裟，表示其已超越凡心。以物药善治众生身心之病。药分物药与法药。物药，即是世间治身病之药。法药是佛依众生而施设解脱之药。如佛的名号“药师琉璃光如来”，药师比喻佛的大慈悲，琉璃光显示佛的大智慧。